Edukację muzyczną rozpoczęła grą na skrzypcach (szkoła muzyczna I i II stopnia). Ukończyła dwie specjalności na Wydziale Instrumentalno-Pedagogicznym w Białymstoku Uniwersytetu Muzycznego Fryderyka Chopina – śpiew solowy w klasie prof. Ewy Iżykowskiej oraz dyrygenturę chóralną. Warsztat wokalny kształciła również podczas kursów z wybitnymi śpiewakami, m.in.: Anitą Garancią, Olgą Pasiecznik, Izabelą Kłosińską, Markiem Rzepką. Jest laureatką wielu konkursów wokalnych, stypendystką Ministra Kultury i Dziedzictwa Narodowego, stypendystką Marszałka Województwa Podlaskiego oraz dwukrotnie – stypendystką Prezydenta Miasta Ełku.
Małgorzata Trojanowska występuje jako solistka z orkiestrami filharmonii w całym kraju podczas koncertów oratoryjnych, galach operowych, koncertów kameralnych. Współpracuje także z Polską Orkiestrą Radiową, Operą i Filharmonią Podlaską, Polską Operą Królewską, Operą Nova w Bydgoszczy. Gości także na wielu festiwalach muzycznych. Współpracowała z wieloma znakomitymi dyrygentami i liderami, m.in. M. Klauzą, D. Runtzem, M. J. Błaszczykiem, P. Fiugajskim, V. Kiradijevem, R. Silvą, B. Akiki, R. Kłoczko, P. Sułkowskim, K. Garstką, M. Pastuszką, J. Salwarowskim, Cz. Grabowskim, J. M. Zarzyckim, A. Klockiem, M. Kluczyńską, N. Pavilionisem, P. Deptuchem, M. Wolińską, N. Athineosem. Od 2007 roku współtworzy Zespół Muzyki Dawnej Diletto Anny Moniuszko.
Repertuar artystki jest bogaty i różnorodny, obejmuje partie operowe i oratoryjne oraz muzykę kameralną wszystkich epok. Warto wspomnieć również o licznych prawykonaniach dzieł kompozytorów współczesnych, m.in.: Z. Krauzego (Kara – główna bohaterka opery Noc kruków), Requiem I. Zalewskiego, Stabat Mater M. Nagnajewicza. Brała również udział w wielu nagraniach płytowych, w tym dwóch albumów solowych.
W 2022 roku Małgorzata Trojanowska uzyskała tytuł doktora sztuk muzycznych w dyscyplinie wokalistyka. Współpracuje jako pedagog z Uniwersytetem w Białymstoku oraz Uniwersytetem Muzycznym Fryderyka Chopina.
