Po ukończeniu Konserwatorium Praskiego studiowała grę na klawesynie w Akademii Sztuk Scenicznych w Pradze w klasie Giedré Lukšaité-Mrázkovej oraz w formie konsultacji u Zuzany Růžičkovej, a także muzykologię na Uniwersytecie Karola w Pradze. W latach 1996-1998 studiowała w Dresdner Akademie für alte Musik u Johna Tolla, a od 2000 roku w Hochschule für Musik w Kolonii w klasie Ketila Haugsanda, gdzie w 2002 roku uzyskała dyplom ukończenia studiów.
W tym samym roku wzbogaciła swoje studia o trzymiesięczny pobyt w Królewskim Konserwatorium w Hadze w klasie Jacques’a Ogga. W 2005 roku ukończyła studia w klasie mistrzowskiej pod kierunkiem Christine Schornsheim w Hochschule für Musik und Theater w Monachium. W 2011 roku obroniła doktorat na Akademii Sztuk Scenicznych w Pradze.
W 1999 roku Monika Knoblochová zdobyła III nagrodę i tytuł laureata na Międzynarodowym Konkursie Praska Wiosna, a także Nagrodę Fundacji Bohuslava Martinů za najlepsze wykonanie Koncertu na klawesyn i małą orkiestrę. W 2002 r. została laureatką prestiżowej nagrody Davidoff Prix Republiki Czeskiej, w 2003 r. otrzymała III nagrodę i tytuł laureata na Konkursie „16. Grosser Förderpreiswettbewerb” w Monachium w kategorii poinformowanej historycznie interpretacji muzyki dawnej, a w tym samym roku dodała do niej Nagrodę Towarzystwa im. Bohuslava Martinů na Młodej Scenie w Karlowych Warach. W 2022 roku otrzymała nagrodę specjalną od międzynarodowego jury na festiwalu Czeska Platforma Tańca za występ muzyczny w spektaklu Celestial Odyssey, który stał się również jednym z trzech nagrodzonych spektakli na tym festiwalu.
Monika Knoblochová nagrała wiele płyt kompaktowych. Jej pierwsza płyta dla Supraphon z kompletem utworów na klawesyn B. Martinů (2005) została nagrodzona przez międzynarodowych krytyków – 4 Diapasons d’Or, 10 Jokers oraz płytą miesiąca za Crescendo, Le Monde de la Musique. W 2006 roku wraz z wiolonczelistą P. Nouzovským nagrała Sonaty na violę da gamba i klawesyn J. S. Bacha dla wytwórni Cube Bohemia. Wiosną 2007 roku, z okazji recitalu na Międzynarodowym Festiwalu Praska Wiosna, wydała płytę CD z Inwencjami J. S. Bacha i J. Nováka, ponownie dla wytwórni Cube Bohemia. W 2009 r. nagrała dwupłytową kompilację wszystkich utworów na klawesyn J. Temla, która została wydana przez Radioservis, a w 2012 r. wydała Sonaty na fortepian Supraphona z fletem i akompaniamentem wiolonczeli L. Koželuha, które miały swoją światową premierę na instrumentach historycznych. W 2014 roku wydała płytę zatytułowaną Goethe in Songs with Radioservis, koncentrującą się na spuściźnie pieśni i fortepianu V. J. Tomáška.
Regularnie nagrywa dla Czeskiego Radia zarówno kompozycje z zakresu muzyki dawnej (w 2011 r. obszerny cykl triów L. Koželuha, który w 2012 r. uzupełniła triami V. Jírovca, Wariacjami Goldbergowskimi J. S. Bacha), jak i współczesnymi (M. Kopelent, J. Teml, L. Sommer, I. Bláha, J. Gemrot, M. Smolka, K. Mařatka i inni).
Monika Knoblochová regularnie występuje jako solistka i kameralistka w kraju i za granicą (Niemcy, Austria, Belgia, Francja, Polska, Hiszpania). Współpracuje z wieloma solistami – Clarą Novákovą, Editą Keglerovą, Petrem Nouzovským, Janą Semerádovą (duet serafinów) i innymi, a także z zespołami – Collegium 1704, Musica Florea, Berg Orchestra, Musica Aeterna i innymi. Jej różnorodny repertuar sięga od autentycznych interpretacji muzyki dawnej, przez muzykę klasyczną, aż po muzykę współczesną.
Od 2008 roku organizuje w Pradze własną serię koncertów Music Salon Café crème, składającą się z nowych, nowatorskich dramaturgii łączących muzykę dawną i współczesną, słowo mówione, taniec i teatr.
Prowadzi również działalność pedagogiczną. Prowadzi klasy klawesynu: od 2006 roku w Letniej Szkole Muzyki Dawnej w Holešovie, od 2007 roku w Akademii Muzyki Dawnej na Uniwersytecie Masaryka w Brnie, a od jesieni 2015 roku w Akademii Sztuk Scenicznych w Pradze. W latach 2011-2013 pracowała również jako nauczycielka klawesynu na Wydziale Artystycznym Uniwersytetu w Ostrawie.
