Urodzony w 1951 roku we Wrocławiu. Studia dyrygenckie /dyplom z wyróżnieniem/ odbył we wrocławskiej Akademii Muzycznej u Tadeusza Strugały. W latach 1971-1973 brał udział w Międzynarodowych Kursach Muzycznych w Weimarze pracując pod kierunkiem znakomitego dyrygenta łotewskiego Arvida Jansonsa. W roku 1977 uzyskał stypendium rządu austriackiego doskonaląc swe umiejętności u prof. Carla Österreichera w słynnej Hochschule für Musik und Darstellende Kunst we Wiedniu.
W tym czasie miał okazję bezpośrednio zetknąć się ze sztuką dyrygencką i osobiście poznać takich mistrzów batuty jak: Herbert von Karajan, Leonard Bernstein, Zubin Mehta, Georg Solti i Claudio Abbado. Pracę etatową rozpoczął w 1974 jako asystent dyrygenta Filharmonii Wrocławskiej. W tym samym roku wziął udział w Ogólnopolskim Konkursie Dyrygenckim w Katowicach, na którym (będąc najmłodszym uczestnikiem) zdobył I nagrodę oraz specjalną nagrodę orkiestry Filharmonii Śląskiej. Sukces ten zaowocował licznymi zaproszeniami, m. in. do Filharmonii Narodowej i WOSPR-u. W 1975 roku otrzymał stanowisko II dyrygenta a w 1980 został powołany na stanowisko dyrektora naczelnego i artystycznego Filharmonii Wrocławskiej, którą to placówką kierował do 2002 roku. Współpracował również z Orkiestrą Filharmonii Krakowskiej, Orkiestrą Filharmonii Pomorskiej w Bydgoszczy oraz z Orkiestrą Filharmonii Podkarpackiej w Rzeszowie jako główny dyrygent wymienionych zespołów. W latach 2002 do 2005 był dyrektorem artystycznym Filharmonii im. A. Rubinsteina w Łodzi a od 2007 do 2021 roku pełnił funkcję dyrygenta-szefa Orkiestry Filharmonii Poznańskiej.
Od ponad 50 lat Marek Pijarowski nieprzerwanie prowadzi ożywioną działalność dyrygencką koncertując ze wszystkimi orkiestrami filharmonicznymi i radiowymi w Polsce. Wielokrotnie prowadził również koncerty ze znakomitymi polskimi zespołami poza granicami kraju m. in. z Filharmonią Narodową (Niemcy), NOPSPR-em (Hiszpania, Paryż), Filharmonią Krakowską (Francja) Sinfonią Varsovia (Hiszpania), Filharmonią Łódzką (Włochy, Hiszpania) oraz szereg tournée z Filharmonią Wrocławską m.in. w Hiszpanii, Francji, Włoszech, Niemczech, Holandii. Dokonał wielu archiwalnych nagrań dla potrzeb Polskiego Radia. Był stałym dyrygentem Eastern Music Festival w Greensboro oraz Texas Music Festival w Houston. Współpracował ściśle z Orkiestrą Prezydencką w Ankarze. Jego sztukę dyrygencką mogli obserwować melomani w większości krajów europejskich a także w Egipcie, Izraelu, Kanadzie, Chinach, USA, Meksyku i Korei Płd. W latach 1980 do 2000 pełnił funkcję dyrektora artystycznego Festiwalu Polskiej Muzyki Współczesnej we Wrocławiu. W latach 1986-1987 był również dyrektorem artystycznym Międzynarodowego Festiwalu Chopinowskiego w Dusznikach.
Od wielu lat związany jest z Akademią Muzyczną im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu, w której prowadzi klasę dyrygentury będąc jednocześnie kierownikiem Katedry Dyrygentury tej Uczelni. Pełnił również funkcję prorektora wrocławskiej Alma Mater. W październiku 2006 obejmuje stanowisko profesora dyrygentury w warszawskiej Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina (obecnie Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina), z którą był związany do 2019 roku. W 1997 z rąk Prezydenta RP otrzymał tytuł profesora sztuki muzycznej. Jego absolwenci są laureatami krajowych i zagranicznych konkursów dyrygenckich. Był recenzentem w postępowaniach o nadanie tytułu doktora honoris causa wybitnym mistrzom batuty m.in T. Strugale, G. Chmurze, St. Skrowaczewskiemu, H. Rilingowi, N. Marrinerowi i K. Masurowi. Wielokrotnie pełnił funkcję przewodniczącego Jury Międzynarodowego Konkursu Młodych Dyrygentów im. W. Lutosławskiego w Białymstoku. Był również jurorem Międzynarodowego Konkursu Dyrygenckiego im. G. Fitelberga w Katowicach.
W 2021 roku Senat Akademii Muzycznej im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu podjął uchwałę o nadanie prof. Markowi Pijarowskiemu tytułu doktora honoris causa.
Odznaczony m. in. Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz Złotym Medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
