Urodzony we Wrocławiu. Podczas nauki w Liceum Muzycznym opanował grę na kilku instrumentach, m.in. fortepian (jako główny), skrzypce, obój i organy. Studia dyrygenckie (dyplom z wyróżnieniem) odbył we wrocławskiej Akademii Muzycznej u Tadeusza Strugały i uzupełniał je w latach 1971-1973 na międzynarodowych Kursach Muzycznych w Weimarze, pracując pod kierunkiem znakomitego dyrygenta łotewskiego – Arvida Jansonsa.
W roku 1977 uzyskał stypendium rządu austriackiego i przez 9 miesięcy przebywał we Wiedniu, doskonaląc swe umiejętności u prof. Carla Oesterreichera w słynnej Hochschule für Musik und Darstellende Kunst. W tym czasie miał okazję bezpośrednio zetknąć się ze sztuką dyrygencką i osobiście poznać takich mistrzów batuty jak, Herbert von Karajan, Leonard Bernstein, Zubin Mehta, Georg Solti czy Claudio Abbado. Pracę etatową rozpoczął w 1974 jako asystent dyrygenta Filharmonii Wrocławskiej. W tym samym roku w grudniu wziął udział w II Ogólnopolskim Konkursie Dyrygenckim w Katowicach, na którym (będąc najmłodszym uczestnikiem) zdobył I nagrodę oraz specjalna nagrodę orkiestry Filharmonii Śląskiej. Sukces ten zaowocował licznymi zaproszeniami do wielu Filharmonii m. in. do Filharmonii Narodowej i WOSPR-u.
W 1975 roku otrzymał stanowisko II dyrygenta, a w 1980 został powołany na stanowisko dyrektora naczelnego i artystycznego Filharmonii Wrocławskiej, którą kierował do 2002 roku będąc również w początkowym okresie odpowiedzialnym za organizację Międzynarodowego Festiwalu Oratoryjnego i Kantatowego “Wratislavia Cantans”. Współpracował także z Filharmonią Krakowską jako jej I dyrygent, a z Filharmonią Pomorska w Bydgoszczy związany był jako stały gościnny dyrygent tego zespołu. W okresie od 1980 do 2000 roku pełnił funkcję dyrektora artystycznego Festiwalu Polskiej Muzyki Współczesnej we Wrocławiu a w latach 1986-1987 także dyrektora artystycznego Międzynarodowego Festiwalu Chopinowskiego w Dusznikach. W latach 2002-2005 był dyrektorem artystycznym i I dyrygentem Filharmonii im. A. Rubinsteina w Łodzi a w latach 2007-2021 pełnił funkcję dyrygenta-szefa Orkiestry Symfonicznej Filharmonii im. Tadeusza Szeligowskiego w Poznaniu.
Od 50 lat nieprzerwanie prowadzi ożywioną działalność dyrygencką koncertując ze wszystkimi orkiestrami filharmonicznymi radiowymi w Polsce. Wielokrotnie prowadził również koncerty z polskimi zespołami poza granicami kraju, m.in. z Filharmonią Narodową (Niemcy), NOPSPR-em (Hiszpania, Paryż), Filharmonią Krakowską (Francja), Sinfonią Varsovią (Hiszpania), Filharmonią Łódzką (Włochy, Hiszpania) oraz szereg tournée z Filharmonią Wrocławską, m.in. w Hiszpanii, Francji, Włoszech, Niemczech, Holandii. Dokonał wielu archiwalnych nagrań dla potrzeb Polskiego Radia. Współpracował ściśle z Eastern Music Festival w Greensboro w USA oraz Texsas Music Festival w Houston a także z Orkiestrą Prezydencką w Ankarze.
Sztukę dyrygencką Marka Pijarowskiego mogli poznać melomani w większości krajów europejskich oraz w Egipcie, Izraelu, Kanadzie, Chinach, USA, Meksyku, Korei Płd. i na Kubie.
Od wielu lat związany jest z Akademia Muzyczną im. K. Lipińskiego we Wrocławiu, w której prowadzi klasę dyrygentury pełniąc jednocześnie funkcję Kierownika Katedry Dyrygentury oraz wcześniej – funkcję prorektora tej Uczelni. Jest inicjatorem, kierownikiem artystycznym i przewodniczącym Jury odbywającego się co trzy lata Ogólnopolskiego Konkursu Studentów Dyrygentury organizowanego przez wrocławską Uczelnię. W październiku 2006 r. objął stanowisko profesora dyrygentury w warszawskiej Akademii Muzycznej im. Fryderyka Chopina (obecnie Uniwersytet Muzyczny Fryderyka Chopina), z którą związany był do 2019 roku.
Pełnił funkcję przewodniczącego Jury Międzynarodowego Przeglądu Młodych Dyrygentów im. W. Lutosławskiego w Białymstoku. Był również jurorem Międzynarodowego Konkursu Dyrygenckiego im. G. Fitelberga w Katowicach.
W roku 1997 z rąk Prezydenta RP otrzymał tytuł profesora sztuki muzycznej. We wrześniu 2021 Akademia Muzyczna im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu nadała Markowi Pijarowskiemu tytuł doktora honoris causa tej Uczelni. Odznaczony m. in. Krzyżem Oficerskim Orderu Odrodzenia Polski oraz złotym medalem „Zasłużony Kulturze Gloria Artis”.
